生物计算科研入门指导

CHENGroup 生信科研入门指导

• 现代科研指北：https://bookdown.org/yufree/sciguide/
• 推荐课程：机器学习（周志华：西瓜书）和深度学习（Andrew Ng公开课，李宏毅等公开课），最优化理论，自然语言处理，数字图像处理，在 Youtube 和 B 站上有大量的课程学习视频
• 推荐编程语言及框架：Python，R，sklearn框架，PyTorch框架和Tensorflow二选一，dgl。
• 生信领域推荐期刊列表：https://chenxofhit.xyz/resources/，了解某一个问题的研究进展最快速的方式是阅读期刊的综述性文章，或者是直接向ChatGPT提问。
• 如何跟踪最新的科研论文：https://chenxofhit.xyz/posts/%E5%A6%82%E4%BD%95%E8%B7%9F%E8%B8%AA%E6%9C%80%E6%96%B0%E7%9A%84%E7%A7%91%E7%A0%94%E8%AE%BA%E6%96%87/
• 论文脉络及跟踪分析：https://www.connectedpapers.com ，推荐根据一篇综述来快速进入到一个研究领域
• 单细胞工具集合：https://www.scrna-tools.org/tools ，每个工具对应背后有一篇论文。
• 工作站使用指南（workstation-guide）：https://chenxofhit.xyz/posts/workstation-guide/
• 科研作图：PPT（首推），R，Python，Prism，部分生物图片可以从 https://www.biorender.com/ 摘取
• 论文写作：ChatGPT（润色、翻译等），LaTex（主力写作工具），谷歌学术（处理bib时严重依赖），OverLeaf（tex协作平台），Word，Grammarly
• 网络辅助：V2Ray/Trojan，Sci-Hub，Google Search
• 日程管理：Apple Calendar，Mircrosoft Todo, Todoist
• 文献管理：EndNote ( Mendeley, Zotero, MarginNote )；在不同的操作系统上有不同的软件，总之适合自己的才是最好的。
• 社交软件辅助：Twitter，Reddit，今日头条，抖音，小红书等，这些社交软件背后有着强大的推荐机制，你可以不断通过点击喜欢和不喜欢的topic（例如深度学习）来训练和强化背后的推荐算法，让它Push给你关联的文章资讯等，但要注意信息茧房和国内一些不必要的政治问题。
• 如何使用 ChatGPT 加速科研和学术避雷：https://chenxofhit.xyz/posts/advance_research_with_chatgpt/

最后更新：2026-4-10