利用神经网络对单细胞数据进行降维

文章标题：Using neural networks for reducing the dimensions of single-cell RNA-Seq data

2017 年发表在 NAR 上的一篇文章，今天又重新拾起这篇文章。

让我震撼的是这篇文章的 NN 的结构，作者居然把 TF 和 Protein 直接和 hidden layer 的 nodes 直接合并在一起了，即使是在 2021 年看来这个做法也是颇为大胆的。

这篇文章还有一个十分有意思的点是 functional analysis of hidden layer nodes。神经网络广为诟病的一点是它的黑箱性质，也就是缺乏可解释性。这种设计的网络结构有一个优势，也就是在实验中发现， hidden layer的得分最高的节点通常与细胞或调节这些功能的 tf 所执行的特定功能非常相关。这一点非常有意思，值得玩味。